青草沙水库的水直接取自长江口，由于长江口上游的工业废水的排放，取水口的水质变差，水中的氮、磷含量偏高，青草沙水库存在富营养化、并产生蓝藻水华的可能；取水口的水质在冬季易受咸潮威胁：长兴岛上工业基地产生的工业废水和生活废水可能会污染水库。

措施：实时监测长江口水质变化，提前做好水库的优质蓄水备用；岛上工业实行清洁生产，生活废水回收处理，减少废水排放。