艾比湖是准噶尔盆地最大的湖泊,也是新疆最大的咸水湖。博尔塔拉河和精河是艾比湖的主要水源。
伊犁河是亚洲中部的一条国际河流,全长1236km,流域面积15.1万km2,是巴尔喀什湖的主要补给水源。雅马渡以上为上游,雅马渡至哈萨克斯坦的伊梨村(卡普恰盖)为中游,伊犁村至巴尔喀什湖为下游。在伊犁村以上,河道蜿蜒曲折,穿流在多沼泽与湖泊的宽河谷中。自伊犁村以下,进入卡普恰盖峡谷,水流清澈。伊犁河上游水资源最为丰富,干支流均有汛期,且干流汛期较长,流量相对平稳,历史上未出现过大范围的严重洪涝灾害。下图示意伊犁河流域。
乌裕尔河原为嫩江的支流。受嫩江西移、泥沙沉积等影响,乌裕尔河下游排水受阻,成为内流河。河水泛滥,最终形成面积相对稳定的扎龙湿地。扎龙湿地面积广大,积水较浅。