果蝇有刚毛对无刚毛为显性（A/a）、灰身对黑身为显性（B/b）、红眼对白眼为显性（R/r），其中A、a位于X染色体上。回答下列问题：
（1）果蝇的白眼基因是由红眼基因突变来的。R和r中的碱基数是否相同？_________。试判断并说明原因________________________________。
（2）在一只有刚毛灰身雌果蝇与一只无刚毛黑身雄果蝇杂交的后代中，有刚毛灰身：有刚毛黑身：无刚毛灰身：无刚毛黑身=1：1：1：1。该杂交结果能否证明体色基因位于常染色体上？________。试判断并作出解释：______________________________________。
（3）若B、b位于Ⅲ号染色体上，现有一批野生型果蝇，欲确定控制眼色的基因位于X染色体、Ⅲ号常染色体，还是其他常染色体上，简要写出实验设计思路、预期实验结果、得出结论___________。