2016年1月13-14日，环保部就5个国家级自然保护区的生态环境问题，约谈其主要负责人，督促其全面落实《环境保护法》《自然保护区条例》及相关规定，坚决制止破坏自然保护区生态环境的各种违法违规行为。

1月14日，环保部向媒体通报称，环境保护部通过卫星遥感监测和实地核查发现，河南小秦岭国家自然保护区内有10余家采矿企业，涉及可开采的坑口217个；矿渣堆存量2000余万吨，堆放面积巨大，高差数百米，生态破坏严重，废弃场地生态恢复工作进展缓慢，未将环境保护部 2014年的相关整改要求落实到位；保护区内部分采矿权到期后，有关部门仍为其办理矿权证。