如图1表示含有目的基因D的DNA片段长度（bp即碱基对）和部分碱基序列，图2表示一种质粒的结构和部分碱基序列．现有MspⅠ、BamHⅠ、MboⅠ、SmaⅠ4种限制性核酸内切酶切割的碱基序列和酶切位点分别为C↓CGG、G↓GATCC、↓GATC、CCC↓GGG．请回答下列问题：
（1）图1的一条脱氧核苷酸链中相邻两个碱基之间依次由____ 连接．
（2）若用限制酶SmaⅠ完全切割图1中DNA片段，产生的末端是____ 末端，其产物长度为____ ．
（3）若图1中虚线方框内的碱基对被T﹣A碱基对替换，那么基因D就突变为基因d．从杂合子分离出图1及其对应的DNA片段，用限制酶SmaⅠ完全切割，产物中共有____ 种不同DNA片段．
（4）若将图2中质粒和目的基因D通过同种限制酶处理后进行，形成重组质粒，那么应选用的限制酶是____ ．在导入重组质粒后，为了筛选出含重组质粒的大肠杆菌，一般需要用添加____ 的培养基进行培养．经检测，部分含有重组质粒的大肠杆菌菌株中目的基因D不能正确表达，其最可能的原因是____
