叶尔羌河发源于昆仑山,中游河段堆积着深厚覆盖层,厚度大于30米(如下图所示)。研究表明,覆盖层的形成主要与气候变化有关。位于该河段的阿尔塔什水利枢纽工程于2011年开工,建成后将对叶尔羌河流域居民的生产和生活条件带来很大改善。
20世纪50年代,在塔里木河下游修建了大西海子水库,水库建成后,对库区周边的气候产生了很大的影响。到20世纪90年代,塔里木河下游水量锐减。现已断流320千米,大西海子水库作为储水的载体已不复存在。