玛纳斯河发源于天山北麓，向北注入准噶尔盆地腹地的玛纳斯湖，是下游众多垦区的主要灌溉水源。该河中游山区的肯斯瓦特水利枢纽工程集发电、灌溉、防洪为一体，其设计死水位（允许水库消落的最低水位）海拔955米；高于坝址河床76米，控制灌区（海拔多在500米以下）316万亩。下表为肯斯瓦特断面各月含沙量和输沙量多年平均值统计表。

乍得湖（如下图所示）一直是湖岸四个国家的“母亲湖”，为周围的千万居民提供饮用水和灌溉水源。在5400年以前，乍得湖的面积为30～40万km²，是现在面积的几十倍。丰水期乍得湖还与非洲的两条大河——尼罗河、尼日尔河相通，并成为尼罗河的河源之一，乍得湖在20世纪还是非洲著名的淡水鱼基地之一，物产丰富。现在乍得湖湖面海拔约为280m，面积约为1540km²(2006年)，北部的博德莱洼地海拔为155m。