麦盖提县位于我国最大的沙漠塔克拉玛干沙漠西部地区,气候极度干旱,年平均降水量为42.3毫米,平均蒸发量2 349毫米。在麦盖提分布着美丽的沙漠千岛湖——刀郎千岛湖。该沙漠千岛湖即使在流经的叶尔羌河及周边湿地干涸、盐碱化的情况下也同样波光粼粼。湖中布满了无数大大小小的岛屿,土质黏稠,水域面积广阔,水草茂盛。
羊卓雍错是青藏高原南部最大的一个封闭型内陆湖,湖面海拔约4450m,湖水主要以降水补给为主,水位季节变化较大,近年来羊卓雍错水位逐年呈波动下降趋势。