柴窝堡湖是一个封闭性的微咸水湖泊,在很长一段时间内湖泊面积较为稳定,距其东南方5公里的大小盐湖为咸水湖,两湖湖底相通。1992-1999年,乌鲁木齐先后在柴窝堡北部和西部建立水源厂,正式开采地下水,2005年后湖泊明显萎缩,至2014年几近干涸,2015年开始缓慢恢复。