土壤有机质是指存在于土壤中通过微生物作用所形成的腐殖质、动植物残体和微生物体的合称，其中的碳元素即为土壤有机碳。土壤有机碳容量既与进入土壤中的生物残体等有机物质多少有关，也与以土壤微生物分解作用为主的有机物质的损失量有关。当土壤水位较低时，土壤微生物的分解作用比较明显，因此也导致了土壤有机物的损失。

湿地系统因为处于常年积水或者季节性积水状态，积累了更多的土壤易分解有机碳,使湿地土壤碳库对气候变化更加数感。调查研究表明，位于黑河中游(河西走廊中段)湿地表层土壤有机碳含量为2.28--29.55克/千克,较洞庭湖湿地(19.63-50.20克/千克）和三江平原湿地(96-184克,/千克)表层土壤有机碳含量低。下图为土壤有机碳的影响因素与形成和演变过程示意图。