土壤有机碳是通过微生物作用所形成的腐殖质、动植物残体和微生物体的合称,是衝量土壤肥力的重要指标之一。某考察队到素有新疆的“湿岛”之称的伊犁河谷进行了野外调查,通过对不同植被下土壤剖面的采样,分析发现了伊犁河谷土壤有机碳含量的变化(见下图)。研究还表明,不同的气候条件、人类干扰强度,影响了土壤有机碳的输入量以及微生物对土壤有机碳的分解转化,从而影响了土壤有机碳的含量。
森林土壤是CO2产生的重要,土壤CO2主要来自微生物呼吸、植物根呼吸和土壤动物呼吸。研究表明:森林土壤CO2排放速率与土壤温度、土壤含水量和枯枝落叶量呈正相关。