云贵高原在距今大约两亿年前为海湾环境，堆积了深厚的石灰岩等。新生代以来，云贵高原不断抬升，始新世末，发生了喜马拉雅造山运动，再度被抬升。

西双版纳的山红树种群数量少，零星分布于海拔600m-850m，石灰岩基底的沟谷，是地质变迁的残留物种，已列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》。与其伴生的乔木树种多。山红树的天然繁殖能力较弱，种子成熟期在10～11月份，在自然状态下休眠期极短，常温贮藏2个月即完全丧失发芽能力，忌低温干燥，土壤温度25℃以上才能萌发。

图甲示意全球部分地质年代及干湿冷暖变化；图乙示意西双版纳山红树分布区的气候资料。