位于天山南麓焉耆盆地的博斯腾湖是我国最大的内陆淡水湖,开都河是其主要补给,也是目前唯一可以直接流入湖区的地表径流,孔雀河是唯一的出湖河流,最终注入塔里木河。博斯腾湖鱼类和芦苇资源丰富,沿河有大面积的绿洲灌区分布,灌溉形式为大水漫灌。近几十年博斯腾湖的湖水水位不断降低,而且含盐量不断上升,环境有恶化的趋势,目前博斯腾湖的湖水已经不能自流入孔雀河,只能依靠闸站提水。如何保护博斯腾湖的生态环境是必须研究解决的问题。下图为焉耆盆地水系图。