咸海原为世界第4大湖，水源补充主要依赖阿河和锡尔河。阿母河发源于兴都库什山的山岳冰川，阿河流城山区冬春多雨，年降而量可达1000毫求，平原地区年降雨量只有200毫米，而下游地区量不到100毫来。春季融雪，开始涨水，6、7、B月份流量最大。锡尔河源于天山山脉的山岳冰川，流经图兰低地注入咸海。两河河水注入海，使咸海水位常年保持不变。20世纪60年代后，由于阿姆河和锡尔河的河水大量用于农业和工业发展，再加上20世纪70年代以来气候持缺千早，导致湖面水位下降、湖泊面积减小，湖水盐度增高，湖盆附近地区大量干盐堆。下图示憲咸海附近地区年等降水量线分布。